Search Consoleで指定できる、さまざまなURLパラメータをグーグルがどう扱うかの設定に関して、グーグルのジョン・ミューラー氏は次のように説明した。

rel="canonical"は優先的にインデックスさせるURLを指定する。しかし、アクセスしたURLにパラメータが含まれていて、そのURLパラメータがある場合にはクロールしないように設定されていたら、Googlebotはクロールしない。そのため、（rel="canonical"が記述されていたとしても）インデックスもしなくなる。
rel="canonical"も比較的強いシグナルとしてグーグルは扱うのだが、URLパラメータはそれよりもさらに強いようだ。矛盾した場合にはURLパラメータの設定が優先される。

Search ConsoleでのURLパラメータの設定は、（設定画面にも表示されているように）予期せぬ動作にならないように慎重に構成しよう。少しでも自信がないのであれば、自分で設定するのではなくわかっている人に頼むべきだ。